La seva missió és representar, assessorar i defensar les cooperatives d’ensenyament, així com agrupar i potenciar l’intercanvi entre elles i les sinergies que es creen en la intersecció entre les diferents escoles. La Fecec ofereix serveis per a la millora de la seva gestió i qualitat. Ofereix formació per als professionals i socis cooperativistes de tot el col·lectiu, en tant que motors i eixos del fet educatiu cooperatiu.
La Fecec forma part de la Confederació de Cooperatives de Catalunya, entitat que representa totes les cooperatives dels diferents sectors d’arreu de Catalunya. També és membre de la Unión Española de Cooperativas de Enseñanza (UECOE) que representa totes les cooperatives d’ensenyament de l’estat espanyol i és membre fundador i principal de l’Agrupació Escolar Catalana, associació empresarial d’escoles privades de Catalunya, bàsicament cooperatives i fundacions.